2.2.3. 법적 문제에 관한 양측의 입장
     2.3.3.1. 권용태측의 입장
  권용태씨는 \"Linux\"라는 단어가 어떠한 사물이나 현상을 보통으로 지칭하는 교유의 단어가 아니라, 새로운 조어임을 주장했다. 그러므로 이는 보통명칭에 해당될 수 없고, 현재 특허청에 “Linux\"라는 명칭의 상표 및 서비스표가 많이 출원되어 있다는 점도 이를 뒷받침할 수 있다고 말했다. 설사 Linux가 컴퓨터 운영체제의 프로그램을 가리키는 보통명칭에 해당한다고 가정하더라고, 보통명칭이 서적류(신문, 잡지, 원간지 등)의 정기 간행물에 제호등으로 사용되는 경우 상표로 취급되도록 규정되어 있기 때문에  “Linux\"가 보통 명칭에 해당하여 상표권이 부여될 수 없다는 취지는 부당하다고 주장했다.
  또한 어떤 상표가, 지정 상품의 품질, 효능, 용도 등을 보통으로 사용하는 방법으로 표시한 포장만으로 된 상표인지 아닌지의 여부는 그 상표가 지니고 있는 관념, 지정 상품과의 관계, 일반수요자나 거래자의 그 상표에 대한 이해력과 인식의 정도 및, 거래 사회의 실정 등을 감안하여 객관적으로 판단하여야 한다고 말했다. 그런 근거로 의하여 그 상표가 지정상품의 품질, 효능, 용도를 암시 또는 강조하는 것으로 보여진다고 하더라도 전체적인 상표의 구성으로 볼 때 일반 수요자나 거래자가 지정상품의 단순한 품질, 효능 용도 등으로 표시하는 것으로 인식 할 수 없는 것은 이에 해당하지 않음을 주장했다.
  그리고 “Linux\"란 단어는 어디까지나 컴퓨터 프로그램이라는 저작물의 제호일 뿐이며, 그 것 자체는 상품이 아닐 뿐 아니라 어떠한 성질이나 품질표시를 행하는 것인 아님을 내세우며, 문제 되고 있는 ”Linux\" 상표 사용권은 각종 잡지 및 서적에 대한 “Linux\" 상표 사용에 관한 것이므로 상품의 성질이나 품질 표시와는 아무런 상관이 없음을 강조했다.

     2.2.3.2. 반대측의 입장
  이에 반대측은 리눅스는 전세계적으로 오랫동안 사용되어 온 명칭으로 컴퓨터 프로그램 및 이와 관련된 서적에 있어서 리눅스는 일종의 보통명칭으로 상표로서의 식별력을 상실한 단어라고 이야기한다. 그러면서 상표법 제 6조 제 1항 제 3호에 의하면 ‘그 상품의 산지, 품질, 원재료, 효능. 수량, 형상(포장의 형상을 포함한다), 가격, 생산방법, 가공방법, 사용방법 또는 시기를 보통으로 사용하는 방법으로 표시한 포장만으로 된 상표는 등록 받을 수 없다’라는 항목과, 동규정에 관한 상표 심사기준에서 ‘단행본 서적의 제호는 그 제호가 직접 서적의 내용을 나타내는 경우에는 본 호에서 규정하는 품질을 표시한 것으로 본다’라는 항목을 제시했다. 그들은 상표권 등록 이전에 리눅스라는 용어가 사용된 잡지, 동호회, 기타 문서 등을 수집하여 ‘무효화 심판’의 자료로 제출하여 리눅스는 상표등록을 받을 수 없고, 설령 착오로 등록 받았다고 할지라도 무효화 되어야 할 것을 강력히 주장했다.
  이런 문제들이 사회적으로 문제화되면서 수많은 민원이 접수 되자 특허청에서도 “등록되어 있는 리눅스 상표에 대해서 이해관계자가 특허심판원에 상표등록무효심판을 청구하여, 리눅스가 등록된 당시 컴퓨터 운영체제의 명칭으로서 국내에 알려져 있다는 사실을 입증한다면, 심결에 의하여 상표등록을 무효화 할수 있다.”라는 자세로 나와, 그들의 무효화 주장을 더욱 확신시켰다.